Álvaro Colom wziął udział w wyborach prezydenckich w 2003, reprezentując Narodową Jedność Nadziei. W pierwszej turze głosowania z wynikiem 26% głosów, zajął drugie miejsce"Guatemala general beaten in poll", BBC News, 11 listopada 2003.. W drugiej turze wyborów przegrał z Óscarem Bergerem Perdomo stosunkiem głosów 46% do 54%. Poparcie klasy wyższej i średniej dla Coloma niespodziewanie spadło po oskarżeniach o finansowanie jego kampanii wyborczej z pieniędzy państwowego funduszu finansowego. W późniejszym czasie zarzuty te zostały wycofane"Berger Wins Guatemala Run-Off Election", Merco Press, 29 grudnia 2003."Ex-mayor 'wins Guatemalan poll'", BBC News, 29 grudnia 2003..
Colom był bratankiem jednego z najbardziej znanych burmistrzów miasta Gwatemala – Manuela Coloma Arguety, który został zabity przez wojskowych w 1979. Był wdowcem i dwukrotnym rozwodnikiem. 8 kwietnia 2011 wziął rozwód z trzecią żoną, Sandrą Torres, z którą pozostawał w związku małżeńskim przez 8 lat. Rozwód miał na celu umożliwienie startu Torres w wyborach prezydenckich w 2011. Konstytucja Gwatemali zakazywała startu krewnym urzędującego prezydenta.
Zmarł na raka przełyku 23 stycznia 2023 roku w wieku 71 lat.