Parlament Europejski może też kontrolować inne instytucje oraz posiada, do pewnego stopnia, uprawnienia kreacyjne (wyboru składu innych organów Unii): zatwierdza Komisję i jej przewodniczącego; ma prawo uchwalenia wotum nieufności wobec Komisji (większością 2/3 głosów); ma prawo zadawania pytań komisarzom; ma zwyczajową możliwość zadawania pytań Radzie; Komisja jest zobowiązana do składania PE sprawozdań z działalności Unii; Przewodniczący Rady Europejskiej składa Parlamentowi sprawozdania z posiedzeń Rady Europejskiej; ma prawo do ustanawiania komisji śledczych na wniosek ¼ swoich członków; powołuje Europejskiego Rzecznika Praw Obywatelskich.
Parlament dysponuje także szerokimi (lecz niewiążącymi innych instytucji) uprawnieniami opiniodawczymi. Konsultowanie Parlamentu jest obowiązkowe w przypadku niektórych procedur. Parlament ma też prawo niewezwany wydać opinię w dowolnej, wybranej przez siebie sprawie.
Prawo petycji Obywatele Unii Europejskiej mają prawo składania petycji do Parlamentu Europejskiego.