Lazio zapłaciło za Mauriego 3,5 miliona euro i zawodnik przeszedł do rzymskiego klubu prowadzonego przez trenera Delio Rossiego. Z Lazio zajął 16. miejsce w lidze (na skutek korupcji i odjęcia drużynie 30 punktów). W sezonie 2006/2007 był jednym z najlepszych zawodników Lazio i awansował z zespołem do eliminacji Ligi Mistrzów. W sezonie 2008/2009 zdobył Puchar Włoch. Latem 2010 był bliski odejścia do Sampdorii, jednak ostatecznie podpisał nowy kontrakt z Lazio do 2013Italy's Stefano Mauri: I Almost Left Lazio For Sampdoria.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1998/99 Meda
Serie D 30 9 1999/00 Meda
Serie C2 21 1 2000/01 Meda
Serie C2 32 2 2001/02 Modena
Serie B 9 1 2002/03 Modena
Serie A 25 1 2003/04 Brescia
Serie A 30 7 2004/05 Udinese Calcio
Serie A 32 5 2005/06 Udinese Calcio
Serie A 16 0 2005/06 S.S. Lazio
Serie A 15 2 2006/07 S.S. Lazio
Serie A 29 6 2007/08 S.S. Lazio
Serie A 24 3 2008/09 S.S. Lazio
Serie A 26 1 2009/10 S.S. Lazio
Serie A 35 3 2010/11 S.S. Lazio
Serie A 29 6 2011/12 S.S. Lazio
Serie A 16 4 2012/13 S.S. Lazio
Serie A 26 3 2013/14 S.S. Lazio
Serie A 12 4 2014/15 S.S. Lazio
Serie A 29 9 2015/16 S.S.