Ich jedynym dzieckiem był przyszły Karol Emanuel I Wielki.
Filip II Habsburg zaproponował swojej żonie, królowej Anglii - Marii Tudor mariaż Emanuela Filiberta z jej młodszą siostrą, księżniczką Elżbietą, by mieć ją pod ścisłym nadzorem, oraz zachować zainteresowanie Habsburgów Anglią (Elżbieta w razie bezpotomnej śmierci królowej Marii, miałaby zostać królową Anglii). Lecz Maria nie wyraziła na to zgodę, obawiając się, że ten mariaż doprowadzi do tego, że Habsburgowie obejmą rządy w Anglii.
W roku 1580 w Portugalii zmarł ostatni król z dynastii Aviz, Henryk I, który ze względu na jego stan duchowieństwa, pozostał bezdzietny. Tak więc tron portugalski pozostał pusty. Emanuel postanowił to wykorzystać, jako wnuk króla Manuela I ze strony matki, rościł sobie prawa do tronu portugalskiego. Lecz w tej trudnej walce dyplomatycznej pokonał go jego kuzyn, cesarz Filip II poprzez jego małżeństwo z Marią Manuelą Portugalską (zmarłą w 1545 roku), przez co został królem Portugalii jako Filip I. Wtedy to Emanuel zapadł na zdrowiu, i zmarł kilka miesięcy później w Turynie.