W latach 1944–1945 występowała jako KSG TSV Fortuna/SC 99 Düsseldorf, ale rozegrała zaledwie dwa mecze, gdy narodowi socjaliści ogłosili upadek Trzeciej Rzeszy.
Lata 60. i 70. Słabsza dyspozycja nie pozwoliła Fortunie awansować do profesjonalnej ligi złożonej z 16 drużyn. Jednak 3 lata później awansowała do ekstraklasy. Szybko jednak spadła z powrotem do drugiej ligi, ale w sezonie 1971/1972 ponownie świętowano awans Fortuny. W pierwszej lidze klub z Düsseldorfu spędził 16 lat, dwukrotnie zajmując 3. miejsce. W tym okresie trzykrotnie awansował do finału krajowego pucharu: w 1978 roku przegrał, w 1979 zdobył ten puchar, podobnie jak rok później, w 1980 roku. Sukces osiągnął także w Pucharze Zdobywców Pucharów awansując do finału, w którym przegrał z FC Barcelona 3:4 po dogrywce.