UNAM zadebiutował w zawodowej lidze 12 września 1954 roku wyjazdowym meczem z CF Monterrey. Okazało się, że nowy klub nie radzi sobie z problemami, jakie stawia zawodowy futbol i z tego powodu zarząd klubu poprosił o pozwolenie na roczną pauzę od rozgrywek ligowych, by dokonać niezbędnej reorganizacji. Przebudowa trwała rok, a nowym zarządcą klubu został Héctor Ortiz. Utworzono radę patronów klubu UNAM, która stworzyła podstawy do przyszłego awansu.
Po ośmiu latach pobytu w drugiej lidze UNAM awansował do pierwszej ligi (Primera División de México). W decydującym meczu UNAM pokonał 9 stycznia 1962 roku Club Cataluña de Torreón 5:1. Po zakończeniu meczu ogarnięci szałem radości kibice klubu wtargnęli na boisko, nosząc swych piłkarzy na rękach. Następnego dnia drużyna przyjęła gratulacje od rektora uczelni Ignacio Cháveza. Trenerem, który doprowadził UNAM do pierwszej ligi był Octavio Vial. Na ten epokowy w historii klubu sukces zapracowali następujący gracze: Homero Villar, Raúl Chanes, José Antonio Rodríguez, Alfredo Echávarri, José Ruíz, Carlos Gutiérrez, Alfredo Zenteno, José Luis Ledezma, Antonio Sámano, Jorge Gaitán, Guillermo Vázquez Sr., Lorenzo García, Carlos Calderón de la Barca, Manuel Rodríguez, Edmundo Pérez i Gustavo Cuenca.