Latem 2006 za milion euro Pardo przeszedł do niemieckiego VfB Stuttgart. W Bundeslidze zadebiutował 12 sierpnia w przegranym 0:3 meczu z 1. FC Nürnberg. W klubie ze Stuttgartu od początku sezonu grał w pierwszym składzie i stał się filarem linii defensywnej. W czwartej kolejce ligowej w meczu z Werderem Brema zdobył wyrównującego gola, a Stuttgart ostatecznie wygrał 3:2. Ogółem w całym sezonie zagrał w 33 meczach i walnie przyczynił się do zdobycia pierwszego od piętnastu lat mistrzostwa Niemiec przez VfB.
W styczniu 2009 Pardo powrócił do Amériki za sumę pół miliona euro. W stołecznym klubie pełnił funkcję kapitana drużyny, jednak nie osiągnął z nim większych sukcesów. Po ponad dwóch latach i rozegraniu 86 ligowych spotkań dla Amériki 26 lipca 2011, w swoje 35. urodziny, Pardo odszedł na zasadzie wolnego transferu do amerykańskiego zespołu Chicago Fire. W 2012 roku zakończył karierę.