decyzję tę zaakceptował arcybiskup metropolita praski Vilém Florentin Salm, który mianował go wikariuszem książęco-arcybiskupim hrabstwa kłodzkiego.
W czasie jego rządów papież Pius VII bullą De salute animarum z 16 lipca 1821 r. potwierdził przynależność ziemi kłodzkiej do arcybiskupstwa praskiego, ale jednocześnie wprowadził ściślejsze powiązanie dekanatu z diecezją wrocławską: każdorazowy wielki dziekan miał automatycznie zostawać honorowym kanonikiem wrocławskim. Wybierać go miano spośród proboszczów ziemi kłodzkiejA. Herzig, M. Ruchniewicz, op. cit., s. 367..
W 1837 r. wydział teologiczny Śląskiego Uniwersytetu im. Fryderyka Wilhelma we Wrocławiu nadał mu tytuł doktora honoris causa. 27 sierpnia 1841 r. został członkiem wrocławskiej kapituły katedralnej. 6 lutego 1843 r. papież mianował go biskupem wrocławskim.
Biskup wrocławski Jego uroczysty ingres miał miejsce 23 kwietnia 1843 r., święceń biskupich udzielił mu biskup pomocniczy Daniel Latussek. Knauer był już wtedy w bardzo podeszłym wieku. W czasie swych krótkich rządów występował przeciwko niemieckiemu Kościołowi narodowemu założonemu przez ks. Johannesa Rongego. Zmarł 16 maja 1844 r. i został pochowany w podziemiach katedry św.