W 1933 roku na podstawie nowego prawa (tzw. Berufsverbot) został zwolniony z funkcji głównego lekarza w Wenzel-Hancke-Krankenhaus we Wrocławiu i zabroniono mu leczenia nie-Żydów. Od tego czasu został dyrektorem wrocławskiego szpitala żydowskiego. Po nocy kryształowej przyjął do szpitala jako pacjentów wielu ludzi chcących uniknąć represji i większość z nich wybronił przed aresztowaniem.
14 marca 1939 Ludwig Guttmann z żoną i dwójką dzieci wyemigrował z Niemiec i na zlecenie ministra spraw zagranicznych III Rzeszy Joachima von Ribbentropa badał w Lizbonie portugalskiego dyktatora Antónia de Salazara. W drodze powrotnej uzyskał zgodę na pobyt w Wielkiej Brytanii. Początkowo, jako obywatel niemiecki, nie mógł praktykować i zajmował się pracą naukową. Następnie pracował w klinice neurochirurgii w Nuffield Radcliffe Infirmary, a potem w Stoke Mandeville Hospital w Buckinghamshire. W 1944 powierzono mu zadanie stworzenia oddziału dla paraplegików – inwalidów wojennych z drugiej wojny światowej, dla których opracował nowatorskie metody rehabilitacjiDoktor Ludwig od godności Paweł Wikowicz, Rzeczpospolita nr 200 z 28 sierpnia 2012 str. A20.