Pasikowski usiłował zdyskontować popularność Psów kontynuacją pod tytułem Psy 2. Ostatnia krew (1994), a także filmem młodzieżowym Słodko gorzki (1996), dramatem wojennym poświęconym wojnie domowej w Bośni Demony wojny według Goi (1998), wreszcie Operacją Samum (1999) – filmem sensacyjnym na temat autentycznej akcji polskiego wywiadu podczas I wojny w Zatoce Perskiej, polegającej na odbiciu amerykańskich szpiegów namierzonych przez iracki wywiad. Żaden z tych filmów nie odniósł jednak sukcesu na miarę Psów.
Niepowodzenie Reichu (2001), odczytywanego jako niezamierzona parodia poprzednich filmów Pasikowskiego, skłoniło reżysera do okresowego wycofania się z reżyserii filmów kinowych. W latach 2004–2008 Pasikowski odpowiadał za reżyserię serialu telewizyjnego Glina, współtworzył również scenariusz do Katynia (2007) Andrzeja Wajdy oraz Hansa Klossa. Stawki większej niż śmierć (2012) Patryka Vegi. Do głównego nurtu kina powrócił za sprawą skandalizującego dreszczowca Pokłosie (2011), którego bohaterowie – dwaj bracia – odkrywają tajemnicę mordu dokonanego przed laty na Żydach w prowincjonalnej miejscowości. Pokłosie oskarżano o rażącą jednoznaczność oraz kiczowaty finał, jednak film zwrócił uwagę na nagłośniony już przedtem przypadek pogromu w Jedwabnem.