Od II połowy września 1939 pod okupacją sowiecką, następnie od czerwca 1941 do września 1944 pod okupacją niemiecką (od 1 sierpnia 1941 w składzie Dystryktu Galicja Generalnego Gubernatorstwa). W czasie II wojny światowej okolice Matkowa były miejscem działania nacjonalistów ukraińskich. W latach 1943–1944 zamordowali oni tutaj 62 Polaków. W pobliskich wsiach Wysocko Wyżne, Komarniki i Dołżki też doszło do zbrodni na ludności cywilnej. Nieopodal wsi ukrywać się miał również szef pododdziału sowieckich spadochroniarzy oficer W. Sołowiow, ukrywany przed Niemcami przez miejscowego w jego własnym domu – I. Wysoczańskiego.
30 września 1944 wieś została zajęta przez wojska radzieckie. Większość polskich mieszkańców, postawiona przed wyborem wyjazdu na Zachód lub przyjęcia obywatelstwa ZSRR, trafiła na tzw. Ziemie Odzyskane, m.in. do Słońska, Uradu, Lubina i Wrocławia. Najmłodszą mieszkanką Matkowa, która wyjechała w czasie fali przymusowych wysiedleń (1944−1946) była Maria Matkowska, która miała wówczas niespełna kilka miesięcy. Podróż trwała niezwykle długo, bo około 3-4 miesiące.
Spora część Polaków wyjechała na Zachód dopiero w czasie ostatniej fali masowych wysiedleń (1955−1959).