sklepienie przekształcono na styl neogotycki, przez co świątynia stała się jednonawowa.
Zachowały się także stare żelazne drzwi (do zakrystii), alabastrowa chrzcielnica (z końca XVI wieku) oraz kamienne portale gotyckie i 1 renesansowy z popiersiem św. Mikołaja. Do nawy przylegają dwie kaplice: późnorenesansowa Matki Boskiej oraz barokowa św. Anny.
Kaplica Matki Boskiej
W 1590 wojewoda krakowski Mikołaj Firlej, ufundował dla swojej żony Elżbiety z Ligęzów pomnik nagrobny w prezbiterium. Po śmierci żony wojewoda podjął decyzję o wzniesieniu przy kościele kaplicy - mauzoleum rodowego (kaplica Matki Boskiej). Prace rozpoczęte pod koniec XVI w. ukończył w 1601 brat Mikołaja, Henryk. Wzorem dla budowli była Kaplica Zygmuntowska na Wawelu. Kaplica ma plan kwadratu, nakryta jest eliptyczną w przekroju kopułą opartą na pendentywach, ale bez tamburu. Na kopule wznosi się latarnia zapewniająca dodatkowy dopływ światła do wnętrza kaplicy, oświetlonego tylko dwoma okrągłymi otworami okiennymi umieszczonymi w ścianach bocznychhttp://pik.kielce.pl/atrakcje-turystyczne/obiekty-sakralne/1212-bejsce-kaplica-firlejow.html | data dostępu 2021.03.14, język polski. Do kaplicy prowadzi kamienna ażurowa bramka. Nieznany artysta wykonał wewnątrz liczne dekoracje rzeźbiarskie.