1 września 1939 batalion ON „Żnin” zajmował stanowiska obronne w rejonie Żnina na głównej pozycji obronnej 26 DP, jako załoga bezpieczeństwa z dowództwem batalionu w mieście. W mieście stacjonowały, jednostki 37 pułku piechoty oraz dowództwo batalionu były bombardowane przez lotnictwo niemieckie. Z uwagi na bombardowania dowództwo przeniosło się do wsi Murczyn. Batalion zajmował stanowiska obronne na odcinku Tonowo-Żnin-Dobrylewo. Zabezpieczał też przesmyk pomiędzy jeziorami Rzędowskim i Sobierajskim. W nocy 5/6 września rozkazem dowódcy 26 DP wraz z dywizją opuścił stanowiska obronne. Stoczył drobne potyczki z niemieckimi patrolami w rejonie Barcina. Dalsze działania batalionu odbywały się w składzie zgrupowania 37 pp. 6 września wraz ze zgrupowaniem 37 pp oraz batalionem ON „Wągrowiec” osłaniał 26 DP na linii jezior Wolickiego i Chomęckiego. Od 7 września wycofywał się po trasie Jadowniki-Janikowo-Kruszwica.