Drugi lifting Od lipca 1999 roku model 306 przeszedł kolejne modyfikacje. Wprowadzono przejrzyste szkła reflektorów, okrągłe i jasne lampy przeciwmgielne, lakierowane zderzaki i listwy boczne, usunięto czarną plastikową listwy na dolnej krawędzi klapy bagażnika, usunięto gumy przylegające do szyby tylnej, przeprojektowany został znaczek tylnej klapy bagażnika, użyto innej wycieraczki tylnej i wprowadzono nowe kolory lakierów. Zmiany wnętrza były bardziej kosmetyczne. Zmianie uległa dźwignia zmiany biegów. Konsola środkowa w niektórych wersjach, zyskała aluminiowe wykończenia, dodano chromowane logo na kierownicy. Od tego momentu wszystkie wersje XS, XSi, XT i D Turbo otrzymały bodykit GTI-6 i wnętrze z uzupełnieniami stylizacji (tzw. czarne plastiki). W wariantach wysokoprężnych, starzejący się silnik XUD został zastąpiony przez nowszą, bardziej wyrafinowaną jednostkę HDi z bezpośrednim wtryskiem Common rail. Prawie wszystkie modele wyposażono seryjnie w system ABS i co najmniej 2 poduszki powietrzne w wyposażeniu standardowym. Sensor deszczu wszedł również do seryjnego wyposażenia.