W 1945 roku klasztor wraz z kościołem został przejęty przez franciszkanów z Prowincji Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny Zakonu Braci Mniejszych w Katowicach. W 1991 przeszedł do nowej Prowincji Św. Franciszka w Poznaniu.
W sierpniu 2017 dekretem biskupa zielonogórsko-gorzowskiego Tadeusza Lityńskiego w porozumieniu z prowincją franciszkańską została tu utworzona parafia św. Józefa Oblubieńca NMP.
19 marca 2018 dekretem biskupa Tadeusza Lityńskiego kościół św. Józefa został ustanowiony sanktuarium Najświętszej Maryi Panny Matki Bożej Pocieszenia.
4 września 2020 dekretem papieskim Matka Boża Pocieszenia ze Wschowy została ogłoszona Patronką miasta Wschowa.
4 września 2021 abp Stanisław Gądecki oraz bp Tadeusz Lityński ukoronowali cudowny obraz Matki Bożej Pocieszenia ze Wschowy.
Charakterystyka zespołu klasztornego Kościół jest świątynią późnorenesansową z elementami gotyku i barokowo-rokokowym wnętrzem. Cały ten obiekt murowany jest z cegły, nie jest jednak otynkowany. Od strony zachodniej kościoła przylega wieża, która jest nakryta baniastym hełmem. Główny ołtarz oraz boczne są wykonane w stylu rokokowym przez Antoniego Schulza z Rawicza.