cyanus kansuensis Meise, 1937 – północno-środkowe Chiny (północno-wschodnia część prowincji Qinghai, zachodnia Gansu i północno-zachodni Syczuan). C. cyanus interposita Hartert, 1917 – północne Chiny (od Ningxia, wschodniej Gansu i Shaanxi na wschód po Hebei i Szantung). C. cyanus swinhoei Hartert, 1903 – wschodnio-środkowe i wschodnie Chiny (północny i środkowy Syczuan do Zhejiang i Jiangxi). Serwis Birds of the World wyróżnia dodatkowy, ósmy podgatunek: C. cyanus pallescens Stegmann, 1931 – środkowa i dolna część dorzecza Amuru. Międzynarodowy Komitet Ornitologiczny (IOC) wyróżnia obecnie tylko dwa podgatunki: C. c. cyanus i C. c. japonica, traktując podgatunki stegmanni, koreensis, kansuensis, interposita i swinhoei jako synonimy podgatunku nominatywnego.
Klasyfikowana obecnie jako odrębny gatunek sójka iberyjska (Cyanopica cooki), występująca w Europie na Półwyspie Iberyjskim, często uznawana była za podgatunek sójki błękitnej; sądzono, że została sprowadzona w XVI wieku z Azji przez żeglarzy, lecz odnaleziono w jaskiniach kości datowane na ponad 44 tysiące lat, co oznacza, że jest to ptak naturalnie tu występujący.