Lifting Na początku 1996 roku Peugeot 106 przeszedł modernizację, wszystkie silniki otrzymały wtrysk paliwa i zwiększono liczbę wersji wyposażenia. Sportową wersję XSi zastąpiła S16 (w niektórych krajach oznaczana jako GTI lub Rallye 16V).
W latach 1997 – 1998 oferowana była wersja Rallye drugiej generacji z silnikiem o pojemności 1,6 l i mocy 103 KM. Opcjonalnie można było do niej zamówić wspomaganie kierownicy czy elektrycznie sterowane szyby.
Generacja druga była oferowana w następujących wersjach wyposażenia: XN, XL, XR, XT, XS oraz S16 (GTI).
Pod koniec 1998 roku Peugeot 106 oferowany był tylko z silnikami 1.1, 1.6 i 1.5 diesel, ponieważ nowy produkt marki Peugeot, model 206 odebrał część klienteli swojemu mniejszemu bratu. Zarząd firmy chciał nawet usunąć model 106 z rynku i w pełni zastąpić modelem 206, jednak zadecydowano zastąpić go modelem 107.
Po dwunastu latach produkcji, ostatni Peugeot 106 opuścił fabrykę w lipcu 2003 roku natomiast model 107 wszedł na rynek na początku 2005 roku. Przez cały okres produkcji model 106 cieszył się powodzeniem, szczególnie na rodzimym rynku.