W trakcie odwrotu prowadził walki w składzie 1 pgs. 3/4 września batalion prowadził odwrót w kierunku Myślenic poprzez Trzebunię i Stróżę. 5 września w trakcie walk odwrotowych batalion dotarł do Dobczyc i Raciechowic. Rano 6 września w Lipnicy Murowanej został rozbity sztab 1 BGS. 6 września batalion maszerował w kierunku na Bochnię. Z Bochni na skutej jej zajęcia przez oddziały niemieckie maszerował osiągając w nocy 6/7 września o godz.1.00 Nowy Wiśnicz, skąd dalej maszerował w kierunku Okocimia.
Batalion wykonywał marsz odwrotowy w co najmniej dwóch grupach. 1 Kompania ON wraz z batalionem ON „Żywiec”, natomiast większość batalionu maszerowała oddzielnie. W rejonie szosy w pobliżu Poręby Spytkowskiej podczas jej przekraczania doszło do paniki wśród żołnierzy. Nocą 7/8 września zgrupowanie przeszło na północny skraj lasów radłowskich po czym brodem przeprawiła się przez Dunajec pod Wietrzychowicami. Prowadząc rano 8 września dalszy odwrót jedna z kompanii batalionu przeprawiła się przez Dunajec, niedaleko jego ujścia do Wisły.W trakcie dalszego odwrotu 8 września batalion maszerował za Wisłokę na Radomyśl Wielki, Przecław, Kolbuszową. 10 września grupa mjr Rotha (batalion ON „Zakopane” wraz z pododdziałami 2 pgs) przekroczyła San pod Rozwadowem. 10 września grupa mjr.