5 września 1939 batalion obsadził górę Chełm (wzg. 779) nad doliną rzeki Ropy. 6 września batalion wraz z 5 kompanią strzelców 1 pspodh bronił swoich pozycji przed atakami niemieckiego 99 pułku strzelców górskich wspartego artylerią 79 pułku artylerii górskiej ze składu niemieckiej 1 Dywizji Górskiej. Następnie po zepchnięciu obrony batalionu z Przełęczy Huta batalion wycofał się Wawrka-Florynka, gdzie prowadził dalszą obronę.
Po wykonaniu zadania obrony 8 września Sądecki batalion ON wycofał się w rejon Krościenka Wyżnego batalion regenerował swoje siły. 8 września wieczorem zbierający się batalion i inne bataliony ON zostały zaatakowane przez niemiecki zmotoryzowany oddział pościgowy „Lang” ze składu 1 Dywizji Górskiej. Batalion po krótkiej walce odskoczył z miejscowości w kierunku Birczy. Tam wszedł w skład zorganizowanego z pozostałości 2 BGS zbiorczego pułku ppłk. Władysława Ziętkiewicza. Pułk zbiorczy 13 września został podporządkowany dowódcy 24 Dywizji Piechoty wraz z która przebijał się w kierunku Lwowa. Szczególnie ciężkie walki pułk stoczył pod Birczą i Boratyczami 13 i 14 września. Resztki pułku zbiorczego, w tym kilkudziesięciu żołnierzy batalionu walczyły w lasach Janowskich i pod Rzęsną Ruską 19 i 20 września, gdzie w większości zostały wzięte do niemieckiej niewoli.