W kwietniu 1605 otrzymał z rąk wielkiego wezyra Lala Mehmeda Paszy koronę i przyzwolenie od sułtana na używanie tytułu króla Węgier i na koronację.
Współpraca Stefana Bocskaya z armią turecką pozwoliła mu na szybkie opanowanie całych Węgier, spowodowała jednak również umocnienie się Porty Osmańskiej kosztem Księstwa Siedmiogrodu. Bocskay obawiając się, że może stać się marionetką w rękach sułtana postanowił prowadzić własną politykę i wykorzystać toczącą się wojnę austriacko-turecką. W tym celu podjął zabiegi dyplomatycznych i jako mediator dwóch stron próbował zakończyć konflikt zbrojny. Kosztem zrzeczenia się pretensji do tytułu królewskiego i uznania dzięki temu przez Habsburgów suwerennych rządów w Siedmiogrodzie, Stefan Bocskay zawarł 23 czerwca 1606 traktat pokojowy w Wiedniu, a następnie podjął się mediacji między sułtanem a cesarzem. Jego działania zakończyły się podpisaniem przez wojujące strony 11 listopada 1606 traktatu pokojowego w Zsitvatorok. Od tego czasu Siedmiogród stał się praktycznie niepodległy.