Umocnienia w tym miejscu powstały już na początku XVIII wieku, były to tzw. lunety z odkrytym tyłem tworzone m.in. z wałów ziemnych. Ich niewysoką skuteczność potwierdziły walki francusko-pruskie z 1807, zakończone porażką Prusaków. W związku z tym w latach 1829-1832 powstał tu ziemny szaniec z murowaną reditą (ostatnim punktem oporu w przypadku oblężenia, w czasie pokoju pełniącym funkcję magazynu prochu). W kolejnych latach obmurowano suchą fosę, a w 1858 roku wybudowano dwie kaponiery do prowadzenia ostrzału artyleryjskiego. Prace nad budową szańca zakończono w 1867 roku. W kompleksie znalazły się magazyn prochowy, laboratorium amunicyjne, schrony i wartownie.
Szaniec Jezuicki miał być pierwszym z dziewięciu fortów planowanego, lecz niezrealizowanego systemu gdańskiej twierdzy pierścieniowej. Szaniec aż do demilitaryzacji twierdzy gdańskiej w 1920 r. obsadzony był przez pułk piechoty stacjonujący w koszarach przy Żabim Kruku (Koszary Wijbego). W czasie drugiej wojny światowej w obiekcie stacjonowała bateria przeciwlotnicza osłaniająca miasto od południa. Podczas walk w 1945 r. zupełnemu zniszczeniu uległa krzyżowa redita. W 1975 roku na szańcu ustawiono maszt telekomunikacyjny, który stał na Szańcu do roku 2012.