Grupy robocze W MPII działa pięć grup roboczych (AG – z niem. Arbeitsgruppe) i dwa podzespoły badawcze (RG – z ang. Research Group): AG1 Algorithms and Complexity została założona w 1988 roku. Grupa, którą opiekuje się prof. Kurt Mehlhorn, zajmuje się złożonością algorytmów, opracowywaniem heurystyk dla problemów NP-zupełnych i geometrią obliczeniową. Zespół ten stworzył m.in. biblioteki LEDA (Library of Efficient Data types and Algorithms), CGAL (Computational Geometry Algorithms Library) oraz SILVIA (Simulation Library for Virtual Reality and Interactive Applications). AG2 Programming Logics powstała w 1991 roku. Grupa, założona przez prof. Haralda Ganzingera, zajmuje się automatycznym dowodzeniem twierdzeń i statystyczną analizą programów komputerowych. Naukowcy AG2 współpracują m.in. przy projektach Verisoft, AVACS (Automatic Verification and Analysis of Complex Systems) i eJustice. Po śmierci prof. Haralda Ganzingera (3 czerwca 2004) obowiązki dyrektora przejął prof. Thomas Lengauer. AG3 Computational Biology and Applied Algorithmics powołano w 2001 roku. Zespół prof. Thomasa Lengauera zajmuje się przetwarzaniem sekwencji biologicznych, przewidywaniem struktury i funkcji białek oraz komputerowo wspomaganym projektowaniem leków. AG4 Computer Graphics powstała w 1998 roku. Grupa, kierowana przez prof.