W 1672 przeor klasztoru zabronił miejscowym chłopom podróży do Krakowa, aby na gruntach klasztornych odrabiali pańszczyznę.
Aż do 1805 klasztor był pustelnią i wierni nie mieli do niego wstępu. Po wyłączeniu kościoła spod klauzury Czerna stała się miejscem kultów św. Rafała Kalinowskiego i Matki Boskiej Szkaplerznej, której obraz znajduje się w kościele. 22 lipca 1869 po przesłuchaniu przeora klasztoru, który przyznał, że wiedział o przetrzymywaniu Barbary Ubryk w celi klasztornej karmelitanek bosych na krakowskiej Wesołej, został aresztowany pod zarzutem współudziału w tej sprawie. W 1944 w Nawojowej Górze został zamordowany przez hitlerowców przeor Alfons Mazurek.
Kompleks klasztorny Klasztor ma plan czworoboku o wymiarach 70 × 70 m, w centrum którego znajduje się niewielki kościół, wzniesiony w rzucie krzyża, zaakcentowany wieżą. W bocznych skrzydłach klasztoru znajdują się pomieszczenia wspólne i cele zakonników, połączone krużgankiem. Do zabudowań przylega cmentarz, na którym znajduje się nagrobek gen. Aleksandra Błędowskiego pochowanego w 1831. Nagrobek wykonał Ferdynand KuhnMarian Konecki Sztuka sakralna ZZJPK, Kraków 1993, s. 47, 75, 76..