EB 110 SuperSport Najmocniejsza seryjna wersja EB 110 to SS (Super Sport) wyprodukowana zaledwie w 31 egzemplarzach. Moc w tym modelu została zwiększona o 50 KM i wynosiła 611 KM. Wersja ta miała inne doładowanie 1,2 bar, gdy seryjny GT miał 1,05 bar, wzmocniono zawieszenie i hamulce wraz ze wzrostem mocy polepszył się moment obrotowy i osiągi. We wnętrzu tej bardziej sportowej wersji znajdziemy więcej aluminium i prawdziwego wykończenia z kevlaru na tunelu środkowym i innych elementach obsługi wnętrza. Najbardziej widocznym elementem różniącym obydwa modele GT i SS jest widoczne na nadwoziu wyfrezowane 5 otworów na lepsze chłodzenie silnika.
EB 110 w sporcie 8 czerwca 1994 Bugatti przygotował też specjalną wersję EB 110, EB 110 Le Mans, która brała udział w słynnym 24-godzinnym maratonie na Circuit de la Sarthe. Nie odniósł on jednak sukcesów z powodu problemów z turbosprężarkami i wyciekami paliwa.