Pod koniec XV wieku diukom Meklemburgii udało się przejąć władzę nad miastem, które wcześniej było tylko nominalnie pod ich zwierzchnictwem, a praktycznie było niezależne. Spory z diukami, pożar (1677) i bunty rozpoczęły powolny upadek miasta przypieczętowany jego dwukrotną okupacją przez Duńczyków i Szwedów – najpierw w czasie wojny trzydziestoletniej, później w latach 1700–1721. Miasto było także zajęte przez wojska Napoleona przez dekadę na początku XIX wieku.
Miasto odzyskało część swojego znaczenia w II poł. XIX wieku w okresie industrializacji, kiedy rozpoczęto budowę parowców. Na początku XX wieku do miasta przyłączono okoliczne miejscowości. Wkrótce wybudowane zostały tu dwie wytwórnie lotnicze (Arado Flugzeugwerke w Warnemünde i Heinkel), które działały do końca II wojny światowej.
W czasie wojny duża część miasta została zniszczona w nalotach alianckich w 1942 i 1945 roku.