Ponieważ jednak wbrew królewskim instrukcjom wspierał François Fénelon'a i kwietystów przeciw Jacques'owi Bossuet'owi, ponownie doszło do zatargu i w sierpniu 1700 król wezwał go z powrotem do Francji. Bouillon odmówił powrotu tłumacząc zbliżającym się konklawe (Innocenty XII był już wówczas ciężko chory, zmarł 27 września 1700), i tym, że z uwagi na śmierć kardynała Alderano Cibo, musiał przejąć obowiązki dziekana Św. Kolegium Kardynałów. Król nie przyjął tego tłumaczenia i zasekwestrował wszystkie jego dobra we Francji.
Kardynał pozostał w Rzymie przez cały rok 1700, uczestnicząc w obchodach roku jubileuszowego. Przewodniczył konklawe po śmierci Innocentego XII i konsekrował nowego papieża Klemensa XI, który w grudniu 1700 przeniósł go do diecezji podmiejskiej Ostia e Velletri. Na wieść o zajęciu swych dóbr powrócił do Francji i podporządkował się królowi. Mimo to na kilka lat wygnany został do opactwa Tournus. Pojednał się ponownie z królem w maju 1710. Ponieważ jednak król odmówił przywrócenia mu władzy nad opactwem Cluny, ponownie doszło do konfliktu i Bouillon uciekł do Niderlandów. Parlament wydał wówczas nakaz jego aresztowania i ponownego zajęcia jego dóbr.