19 grudnia 1999 doszło do niezrealizowanego formalnie zjednoczenia Stronnictwa Narodowego ze Stronnictwem Narodowo-Demokratycznym. Kandydatem SN w wyborach prezydenckich w 2000 był gen. Tadeusz Wilecki, który uzyskał jedynie 28 805 głosów, tj. 0,16% poparcia.
W 2001 większość działaczy SN na bazie niewykreślonego SND powołała Ligę Polskich Rodzin. Stronnictwo Narodowe zostało wyrejestrowane wskutek niedostarczenia sprawozdań do Państwowej Komisji Wyborczej.
Od 15 września 2001 SN ponownie funkcjonowało jako samodzielna partia polityczna, którą 31 stycznia 2004 po wykreśleniu z ewidencji przekształcono w stowarzyszenie. Stowarzyszenie SN zawiązane przez Bogusława Kowalskiego wydaje tygodnik polityczno-kulturalny Nowa Myśl Polska i jest związane z Ruchem Ludowo-Narodowym. Część działaczy SN i Sekcji Młodych opozycyjnych wobec polityki Bogusława Kowalskiego oraz Romana Giertycha powołała Polskie Stronnictwo Narodowe i stowarzyszenie Obóz Wielkiej Polski.
Inne Stronnictwa Narodowe W III RP od wejścia w życie w 1997 nowej ustawy o partiach politycznych funkcjonowały bądź funkcjonują w tej formie organizacyjnej: