Polega ona najpierw na selekcji pozytywnej, następnie negatywnej.
selekcja pozytywna - polega ona na selekcji limfocytów T, które mają przeżyć i zostaną przeznaczone do stworzenia konkretnej linii komórkowej, wykazują one umiarkowane powinowactwo do receptorów klasy MHC selekcja negatywna - dochodzi do śmierci limfocytów T autoreaktywnych, czyli takich o wysokim powinowactwie do cząsteczek klasy MHC
Miejsce selekcji limfocytów T Niedojrzałe limfocyty znajdują się w części korowej. W części zewnętrznej tej kory znajdują się limfocyty niedojrzałe (zdolne do proliferacji), natomiast głębiej usytuowane są limfocyty dojrzalsze, prawdopodobnie ulegające tu selekcji pozytywnej.
Indukcja śmierci limfocytów T Zachodzi według mechanizmów: programowanej śmierci komórki (PCD) - gdy antygen limfocytu ulega eliminacji np. w wypadku ustępowania zakażenia. Usunięcie antygenów w tym wypadku pozbawia komórki bodźca umożliwiającego przeżycie, w tym także czynników wzrostu, co powoduje uwolnienie z mitochondriów cytochromu c, który po połączeniu z czynnikiem aktywującym apoptozę 1 prowadzi do aktywacji kaspaz.