Petrosjan nadal kontrolował jednak siły zbrojne Górskiego Karabachu, w rządzie pozostali zwolennicy siłowego rozwiązania, co skutecznie osłabiało starania prezydenta Armenii o zakończenie konfliktu poprzez negocjacje i podpisanie traktatu pokojowego z Azerbejdżanem, na co zresztą naciskała Rosja.
Jesienią 1997 Ter-Petrosjan opublikował artykuł Wojna czy pokój – czas się zastanowić, w którym opowiedział się za całkowitą reorientacją polityki zagranicznej swojego kraju i rozwiązaniem problemu Górskiego Karabachu w kompromisowy sposób. Sprzeciwił się ponownie żądaniom nacjonalistów, by sporne terytorium zostało anektowane przez Armenię, lub też uznane przez nią za legalnie istniejące państwo. W ocenie prezydenta silna pozycja Armenii nie była trwała i mogła ulec nagłemu pogorszeniu, jeśli sprawa Górskiego Karabachu nie zostanie uregulowana. Ter-Petrosjan postulował rozluźnienie więzi ormiańsko-rosyjskich, przyjęcie orientacji prozachodniej i poprawę relacji z Turcją. Równocześnie Górski Karabach miał otrzymać szeroką autonomię w granicach Azerbejdżanu.