Dalsze losy konwentu w Szpetalu nie są jasne. Wiadomo jedynie, że wkrótce przeszedł pod zarząd nowego opactwa w Byszewie koło Bydgoszczypóźniej przeniesionego do Koronowa. Widocznie jednak konwent w Szpetalu sprawiał byszewianom sporo kłopotów, skoro w roku 1258 zamienili dobra szpetalskie na inne, leżące bliżej ich siedziby. W ten sposób ostatecznie konwent szpetalski przestał istnieć, a dobra stały się własnością rodu Łąckich, co potwierdza dokument z roku 1385. Pozostała natomiast parafia św. Gotarda, o którą - po odejściu mnichów - toczyły spór diecezje włocławska i płocka. Sprawę rozstrzygnięto w roku 1321 na korzyść Włocławka.
W następnych stuleciach w Szpetalu nie działo się najlepiej. Parafia często nie miała własnego proboszcza i była obsługiwana przez wikariuszy zza Wisły, z czego wynikałoby, że dochody z parafii nie były szczególnie wielkie, chociaż spis z roku 1594 wymienia aż 13 wiosek jako podlegające parafii św. Gotarda. Kościół spłonął na początku XIX wieku, a siedzibę parafii przeniesiono do Szpetala Górnego, gdzie ówczesny dziedzic Marian Rutkowski ufundował w roku 1806 nowy kościółSzymon Konarski, Kanoniczki warszawskie, Paryż 1952, s. 165..