Dopiero w latach siedemdziesiątych XX wieku stało się jasne, że jeden gen może kodować różne produkty podstawowe. Niewiele później odkryto, że jeden gen może mieć kilka ramek odczytu lub mogą one na siebie nachodzić. Oznacza to, że sekwencja może być odczytana począwszy od różnych miejsc i w ten sposób jeden gen może odpowiadać za syntetyzowanie kilku mRNA, co w rezultacie daje różne warianty białek. Mimo iż alternatywne ramki odczytu są określane czasem jako różne geny, fakt że informacja dla dwóch pierwotnych produktów jest zawarta w jednym genie i te dwa produkty nie mogą być oddzielone poprzez rekombinację pasuje do kryteriów plejotropii. Alternatywne transkrypty mogą powstawać z jednego genu na dwa sposoby:
alternatywny splicing, który pozwala na złożenie transkryptu z różnych eksonów, alternatywne miejsca startu transkrypcji, które mogą spowodować powstanie białka o różnej długości i odmiennych funkcjach. Zjawisko to zostało odkryte niedługo po poznaniu ramek odczytu i wyjaśniły mechanizm plejotropii na poziomie powstawania i dojrzewania mRNA.