oraz w 1735 roku Kaplicę Zbawiciela, zwaną również kaplicą świętych relikwii. W latach 1887–1891 przeprowadzono gruntowną renowację wnętrza katedry, które uzyskało obecny wygląd. Powstała wówczas polichromia, której autorem był Justus Bornowski z Elbląga. W prezbiterium pozostawiono fragmenty późnogotyckiego malowidła przedstawiającego ojców Kościoła oraz herb biskupa Mikołaja Tungena.
Wyposażenie wnętrza thumb|230px|Grobowiec Kopernika
Ołtarze ołtarz główny (obecny) zrealizowany został w latach 1747–1752 staraniem biskupa Adama Grabowskiego. Elementy ołtarza z czarnego i różowego marmuru wykonali kamieniarze w Dębniku według projektu Franciszka Placidiego. W polu środkowym obrazy Stefana Torellego Wniebowzięcie Marii Panny i Męczeństwo św. Andrzeja, poliptyk fromborski – z późnogotycką rzeźbą Madonny z Dzieciątkiem. Po bokach figury ojców Kościoła, a na skrzydłach częściowo zachowane płaskorzeźby z wizerunkiem scen Maryjnych i malowidłami Męki Pańskiej, rzeźbiona i malowana nastawa dawnego ołtarza głównego, wykonana w 1504 w Toruniu na zamówienie biskupa Łukasza Watzenrodego późnobarokowe intarsjowane stalle z baldachimem zrealizowane w latach 1734–1738 przez Krzysztofa Sanda wg projektu K. Peuckera 16 ołtarzy bocznych z XVII w. z cennymi obrazami.