Wielokrotnie armia przejmowała władzę na dłuższe lub krótsze okresy lub wpływała na sytuację polityczną w kraju. W latach 60. XIX wieku Hiszpanie bez powodzenia próbowali odzyskać kontrolę nad Peru, tocząc w latach 1866–1867 wojnę z Chile i Peru i w roku 1879 byli zmuszeni uznać jego niepodległość. Przez wieki swojej historii Peru toczyło liczne spory graniczne ze swoimi sąsiadami. Najistotniejsze znaczenie miała tzw. „wojna o saletrę” (lub wojna o Pacyfik) w latach 1879–1883. Chile ostatecznie pokonało sprzymierzone Peru i Boliwię i wojna została zakończona podpisaniem 20 października 1883 traktatu z Ancón. W efekcie Chile otrzymało obfitującą w saletrę peruwiańską prowincję Tarapacá. W 1889 roku władzę w kraju objęli liberałowie z prezydentem Guillermo Billinghurstem. Rząd liberałów usiłował realizować program socjalny i chronić chłopstwo przed nadużyciami latyfundystów. Reformy zakończyły się niepowodzeniem a prezydent w 1914 roku został obalony.