Okręgi były odpowiedzialne za takie działania administracyjne, jak: mobilizacja, pobór lub utrzymywanie wojskowych obiektów.
Okręgi wojskowe: Belgrad (obejmował wschodnią Chorwację, Serbię z Wojwodiną oraz Bośnię i Hercegowinę) Zagrzeb (obejmował Słowenię i północną Chorwację) Skopje (obejmował Macedonię, południową Serbię i Czarnogórę) Rejon floty Split
JNA w 1991 liczyła ponad 180 tys. żołnierzy, z czego 100 tys. było rekrutami.
W 1990 nastąpiło przeorganizowanie struktury w siłach lądowych. Doprowadziło to do wyeliminowania starej dywizyjnej organizacji piechoty, zastępując ją brygadami, które od tego czasu były największymi jednostkami operacyjnymi. Przekształcono wówczas dziesięć spośród dwunastu dywizji piechoty na 29 pułków: pancernych, zmechanizowanych i górskich brygad piechoty z integralną artylerią i obroną przeciwlotniczą, oraz pułków przeciwpancernych. Jedna brygada lotnictwa została zreorganizowana przed 1990. Posunięcie to zwiększyło sprawność, zwrotność i taktyczną inicjatywę i z założenia pozwalało zmniejszyć niebezpieczeństwo, że zbyt duże oddziały armii będą zniszczone w walce z agresorem.