Enomoto powrócił do Japonii na pokładzie Kaiyō Maru, okrętu wojennego zakupionego przez siogunat od rządu holenderskiego. Podczas pobytu w Europie Enomoto zdał sobie sprawę ze znaczenia i roli, jaką w przyszłości miał w komunikacji odgrywać telegraf i zaczął planować system łączący Edo z Jokohamą. Po powrocie, w wieku 31 lat został awansowany na stopień kaigun-fukusōsai, drugi pod względem ważności w marynarce siogunatu.
Restauracja Meiji Podczas restauracji Meiji, po bezkrwawym poddaniu Edo siłom nowego rządu Meiji w 1868 roku, Enomoto odmówił przekazania znajdującej się pod jego komendą floty i uciekł do Hakodate na wyspie Hokkaido, zabierając ze sobą resztki oddziałów lojalnych wobec bakufu oraz garstkę francuskich doradców siogunatu pod przywództwem Jules’a Bruneta. Osiem okrętów wojennych pod dowództwem Enomoto stanowiło największą potęgę morską w ówczesnej Japonii.
Enomoto usiłował utworzyć na Hokkaido niepodległe państwo pod rządami rodu Tokugawa, ale rząd Meiji odmówił zgody na podział Japonii. 25 grudnia lojaliści bakufu ogłosili powstanie niepodległej Republiki Ezo i wybrali Enomoto na prezydenta.