W 1959 wziął udział w konferencji w Londynie, na której została uznana niepodległość Cypru. Objął wówczas stanowisko ministra sprawiedliwości w rządzie przejściowym Makariosa III. Z ramienia Frontu Patriotycznego uzyskał mandat posła do Izby Reprezentantów. Objął w 1960 funkcję przewodniczącego parlamentu, którą sprawował do 1976. Od 1961 do 1963 był jednocześnie prezesem cypryjskiego organizacji zrzeszonej w Międzynarodowym Komitecie Czerwonego Krzyża. Był aktywnym negocjatorem w trakcie kryzysów politycznych z przełomu lat 60. i 70. W 1969 został przewodniczącym partii Enieon Koma powstałej po rozpadzie jego poprzedniego ugrupowania.

W lipcu 1974 doszło do zamachu stanu przeprowadzonego przez popierających unię Cypru z Grecją członków EOKA 2, a także greckich wojskowych. Makarios III opuścił Cypr, udając się do Wielkiej Brytanii. Zamachowcy nową głową państwa ogłosili Nikosa Sampsona. Ten ustąpił jednak po kilku dniach w obliczu inwazji tureckiej na Cypr. Glafkos Kliridis został wówczas pełniącym obowiązki prezydenta, pełnił tę funkcję do grudnia 1974, gdy do kraju powrócił Makarios III.