Pierwsza wzmianka historyczna o wsi pochodzi ze spisu dziesięcin biskupa włocławskiego z lat 1402-1409 i podaje, że właściciel rycerskiej wsi Lipienki zobowiązany jest do zapłaty dziesięciny na rzecz Kościoła. Pierwszym znanym rycerzem – właścicielem dóbr był Michał z Lipienek (1451 r.). Następnie wieś należała do Mikołaja, który w 1455 r. znalazł się w niewoli krzyżackiej wskutek zajęcia i spalenia miasta Świecia. W latach 1590-1598 wieś trzymał wojewoda Jan Kostka herbu DąbrowaChlebowski B.(red.), 1880-1888, Słownik Geograficzny Królestwa Polskiego i innych krajów słowiańskich, t. I-XII, Warszawa.. Pod koniec XVI wieku dobra lipieńskie dzieliło trzech właścicieli: Lipiński, Osłowski i nieznany dygnitarz pomorski. Najprawdopodobniej pod koniec XVII stulecia wieś znalazła się w jednych rękach, o czym świadczą zapisy źródłowe (Lniscy herbu Ostoja, Zawadzcy). W roku 1768 dobra lipieńskie kupił od Zawadzkich za 8500 guldenów kapitan Franciszek Jaworski herbu SasMaercker H.,1886-1888, Eine polnische Starostei und ein preussischer Landratskreis. Geschichte des Schwetzer Kreises 1466-1673, „Zeitschrift des Westpreussischen Geschichtsvereins”, Bd.17-19, Danzig.. W rękach Sas-Jaworskich Lipienki były do 1906 r., kiedy to w wyniku kupna stały się własnością rodu Liszkowskich herbu Prawdzic. 10 października 1912 r.