Rozkazem dowódcy KOP z 23 lutego 1937 została zapoczątkowana pierwsza faza reorganizacji Korpusu Ochrony Pogranicza „R.3”. Batalion otrzymał nowy etat. Był jednostką administracyjną dla szwadronu kawalerii KOP „Druja”, posterunku żandarmerii KOP „Słobódka” i komendy powiatu pw KOP „Brasław”. W wyniku realizacji drugiej fazy reorganizacji KOP, latem 1937 nowo powstały pluton odwodowy 1 kompanii granicznej „Druja” rozmieszczono w koszarach w Drui wspólnie z dowództwem kompanii i szwadronem kawalerii. Dla strażnicy „Druja” nakazano wynająć osobne pomieszczenie o powierzchni do 50 m².
Z dniem 15 maja 1939 batalion stał się oddziałem gospodarczym. Stanowisko kwatermistrza batalionu przemianowane zostało na stanowisko zastępcy dowódcy batalionu do spraw gospodarczych, płatnika na stanowisko oficera gospodarczego, zastępcy oficera materiałowego dla spraw uzbrojenia na zbrojmistrza, zastępcy oficera materiałowego dla spraw żywnościowych na oficera żywnościowego.