W 1896 roku zamieszkał w Berlinie, gdzie zaczął badać zjawisko homoseksualizmu i walczyć z dyskryminacją gejów.
Komitet Naukowo-Humanitarny
W 1897 roku Hirschfeld został jednym z założycieli pierwszej niemieckiej organizacji walczącej o prawa osób homoseksualnych – Komitetu Naukowo-Humanitarnego (, WhK). WhK zapoczątkował kampanię na rzecz zniesienia paragrafu 175, wnioskując, że jedyne akty homoseksualne podlegające penalizacji winny być aktami seksualnej przemocy: gwałtu lub z osobami niezdolnymi do wyrażenia na taki akt zgody (dzieci, osoby niepełnosprawne mentalnie). Komitet zajmował się działalnością edukacyjną, publikował prace z zakresu seksuologii, prowadził pracę badawcze z seksuologii i podejmował działania polityczne na rzecz równouprawnienia homoseksualistów. Motto komitetu brzmiało: „przez naukę do sprawiedliwości” () i wyrażało przekonanie, że badania naukowe nad homoseksualizmem sprawią, że zniknie wrogość wobec homoseksualistów.