Abbona, jako że obejmuje on refleksje o naturze wiedzy, filozofię liczb, uwagi o relacji między jednością i wielością oraz zagadnienia arytmetyczne. Abbo podpiera swoją argumentację przykładami zaczerpniętymi z logiki, gramatyki i kosmologii, umieszczając je wszystkie w szerokim kontekście teologii stworzenia.
Po kilku latach powrócił do Fleury, a w 988 został wybrany opatem po śmierci Oilbolda. Kiedy inny mnich, mający za sobą wsparcie króla Francji i jego syna, biskupa Orleanu Roberta, zakwestionował ten wybór, sprawa nabrała znaczenia państwowego. Był to też początek sporu św. Abbona z biskupami diecezji Orleanu, na której terenie leżało opactwo Fleury. Ostatecznie sprawa została rozstrzygnięta na korzyść św. Abbona przez Gerberta z Aurillac, późniejszego papieża Sylwestra II.
Jako opat św. Abbo nadal prowadził ożywioną działalność naukową. Rozpoczął także działalność reformatorską i polityczną – ostro przeciwstawiał się ingerencji władz świeckich w życie Kościoła, bronił władzy biskupiej i papieskiej, starał się wzmocnić karność duchowieństwa i zwalczał symonię. By osiągnąć te cele, domagał się podniesienia kwalifikacji kandydatów do stanu duchownego i uporządkowania spraw majątkowych Kościoła.