Podczas wojny rosyjsko-japońskiej (1904–1905) kontynuował pracę; dopiero w 1907 roku udał się wraz z (tymczasem już liczącą sobie pięć osób) rodziną na pierwszy urlop do ojczyzny.
W roku 1908 powrócił do Chin; podobnie w roku 1911. Tym razem jednak jego pobyt w Chinach nie trwał tak długo ze względów zdrowotnych, odkąd wybuchła I wojna światowa, mógł prowadzić pracę pedagogiczną jedynie z największym trudem. Latem 1920 roku Wilhelm ostatecznie powrócił do Niemiec.
W latach 1922–1924 pracował jako doradca naukowy poselstwa niemieckiego w Pekinie, wykładając na tamtejszym uniwersytecie. W 1924 roku otrzymał profesurę honorową na powołanej właśnie do życia katedrze historii chińskiej we Frankfurcie nad Menem. W roku 1927 został profesorem zwyczajnym.
Po powrocie do Niemiec Wilhelm stał się duchowym pośrednikiem pomiędzy Chinami i Europą. Przyjaźnił się z wieloma wybitnymi uczonymi, filozofami i pisarzami. Do jego osobistych przyjaciół zaliczali się, między innymi: Albert Schweitzer, Hermann Hesse, Martin Buber, Carl Gustav Jung (z którym napisał „europejski komentarz” do opublikowanego przez Wilhelma w 1932 roku przekładu Yijing), Hermann Keyserling, Rabindranath Tagore.