Lata 1989 – współczesność Z powodu organizowanych wystaw czasowych oraz w związku ze stale powiększającą się liczbą eksponatów muzeum z biegiem czasu zajęło dalsze części gmachu archiwalno-bibliotecznego diecezji wrocławskiej – poddasze, część piwnic na magazyny i pracownię konserwatorską, w tym również sale kapituły. Po zmianach społeczno-politycznych w roku 1989 dodatkowo otrzymało sąsiadujący z dotychczasową siedzibą, cały budynek pokapitulny z roku 1756 przy pl. Katedralnym 16. W związku z tym w roku 1991 ostatecznie uszeregowano poszczególne wystawy pod względem chronologicznym i rzeczowym, a część eksponowanych obiektów, które wystawia się w ramach wystaw tematycznych, przeniesiono do magazynu.
W 1998 został wybity medal o treści Tysiąc lat diecezji wrocławskiej (awers) i Sto lat Muzeum Archidiecezjalnego we Wrocławiu (rewers), zaprojektowany przez Józefa Stasińskiego.