W roku 1918 zmarł pierwszy dyrektor muzeum i kierownictwo nad archiwum, biblioteką oraz muzeum objął ks. , który podjął się pracy uporządkowania tych instytucji po zamieszkach wojennych. Wykorzystał pierwotne pomieszczenia, przesuwając na dalszy plan organizację muzeum w nowym wydaniu (muzeum pozostało aż do 1942 roku w tych samych pomieszczeniach, które zagospodarowano w fazie początkowej)Ks. Józef Pater, 100 lat Muzeum Archidiecezjalnego we Wrocławiu 1898-1998, Wrocław 1999, s. 12..
Okres II wojny światowej Działania wojenne 1939–1945 w czasie II wojny światowej zmusiły następnego dyrektora muzeum – ks. dr. Kurta Engelberta w roku 1942 do zabezpieczenia i ewakuacji zbiorów do kilku miejscowości na terenie Śląska. Część przedmiotów dostała się w niepowołane ręce, inne uległy zniszczeniu lub rozproszeniu. Zaginęły wówczas obrazy Lucasa Cranacha Starszego „Madonna” z kolegiaty głogowskiej oraz „Madonna pod jodłami” z katedry wrocławskiej, unikalne zbiory numizmatyczne oraz kilka średniowiecznych tryptyków i rzeźb. Poważnemu zniszczeniu uległ także gmach archiwalno-muzealny, którego odbudowę rozpoczęto zaraz po zakończeniu działań wojennych. Wtedy też rozpoczęto trwającą do dziś rewindykację zbiorów.