W dolinie wyróżnić można dwie różniące się części: górną w okolicy Jerzmanowic, która jest szeroka, bezleśna i w dużym stopniu zabudowana, oraz dolną, która bardziej przypomina głęboki, ciasny wąwóz i ma strome zalesione zbocza. Na wschodnim zboczu tego wąwozu wznosi się wysoko ponad wieżą nowego kościoła i lasem potężna skała Brodło. Również na wschodnich zboczach doliny w 1989 r. utworzono rezerwat przyrody Dolina Szklarki w celu ochrony dobrze zachowanych zespołów leśnych i muraw naskalnych. W jego pobliżu znajduje się źródło „Pióro” – duże wywierzysko krasowe.
U wylotu doliny w Dubiu istnieją stawy hodowlane, które założone zostały jeszcze w 1850 roku przez rodzinę Potockich. Obecnie hoduje się w nich pstrągi i inne ryby łososiowate.
Szlaki turystyki pieszej – czerwony szlak okrężny przez najciekawsze obszary Doliny Szklarki. Wychodząc nim ze Szklar w kierunku wschodnim przejdziemy cały leśny rezerwat. Szlak wspina się na górę i wyprowadza na pola uprawne wierzchowiny Wyżyny Olkuskiej, skąd roztaczają się szerokie widoki w południowo-wschodnim kierunku. Następnie szlak schodzi z powrotem do dna doliny, przekracza drogę, przechodzi na zachodnie zbocze doliny i prowadzi odkrytymi w większości terenami w pobliżu dużych ostańców wierzchołkowych.