Zakład Geograficzny wznowił działalność w 1945, a Zakład Antropogeografii w 1947.
W 1951 oba zakłady zostały zlikwidowane, a w zamian powstał, w ramach Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi, Instytut Geograficzny składający się z pięciu katedr (Geografii Fizycznej, Geografii Ekonomicznej, Geografii Regionalnej, Kartografii (pierwsza w Polsce), Klimatologii) i jednej pracowni (Metodyki Nauczania Geografii). Siedzibą Instytutu został Pałac Uruskich. W 1969 Instytut wydzielono z Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi w samodzielną jednostkę uniwersytecką, jednocześnie wszystkie dotychczasowe jednostki (katedry i pracownię) przekształcono w zakłady wydzielając dwa nowe zakłady (Geomorfologii i Hydrografii – do 1969 były to pracownie Katedry Geografii Fizycznej).
W 1977 Instytut Geograficzny został połączony z, powstałym w 1962, Instytutem Afrykanistycznym w Wydział Geografii i Studiów Regionalnych. Wydział składał się z trzech instytutów (Instytut Nauk Fizycznogeograficznych, Instytut Geografii Społeczno-Ekonomicznej i Regionalnej oraz Instytut Geografii Krajów Rozwijających się), jednej katedry (Kartografii), jednego zakładu (Zakład Dydaktyki Geografii) oraz stacji terenowej w Murzynowie koło Płocka (obecnie Mazowiecki Ośrodek Geograficzny).