Mianowany łacińskim patriarchą Konstantynopola w 1463 roku ogłosił Encyclica ad Graecos (Encyklikę do Greków), w której wzywał swoich rodaków do zjednoczenia z Kościołem rzymskim.
Upamiętnił się przede wszystkim jako mecenas i uczony humanista. Wszechstronnie wykształcony, dążył do zespolenia tradycji klasycznych z chrześcijańskimi. W Rzymie skupił wokół siebie grono uczonych, w tzw. „Akademii Bessariona”, ośrodku humanistów rzymskich. Przetłumaczył z języka greckiego na łacinę między innymi Metafizykę Arystotelesa i Memorabilia Ksenofonta. W sławnym dziele skierowanym przeciw Jerzemu z Trapezuntu In calumniatorem Platonis (wyd. L. Monter, 1927), podjął się obrony Platona, stając się jedną z ważnych postaci renesansowego platonizmu. Nie pojmował jednak platonizmu jako zupełnej alternatywy dla filozofii Arystotelesa, dążył raczej do rewizji późnych, krańcowych interpretacji jego myśli i do uzgodnienia obydwu filozofów. Pod wpływem Bessariona w Akademii Florenckiej utrwaliło się przekonanie, że jedyną właściwą apologią chrześcijaństwa jest taka jego obrona, która by się opierała na uzgodnieniu Platona z Arystotelesem w duchu Plotyna.