Zniszczeniu uległy wszystkie dzieła sztuki stanowiące wyposażenie kościoła, większość cennych epitafiów i malowideł.
W 1965 roku świątynia została wpisana do rejestru zabytków.
8 czerwca 1987 roku, podczas trzeciej wizyty apostolskiej w Polsce, w kościele Jan Paweł II odprawił mszę świętą inaugurującą II Krajowy Kongres Eucharystyczny. Wśród tysięcy zgromadzonych wiernych była m.in. Matka Teresa z KalkutyPaweł Zuchniewicz, Papieska Warszawa, Centrum Myśli Jana Pawła II, Warszawa 2006, s. 54..
W 1993 roku z okazji piętnastej rocznicy pontyfikatu Jana Pawła II na schodach przed kościołem odsłonięto jego pomnik ofiarowany przez włoskiego rzeźbiarza Giorgio Gallettiego. Bliźniaczy monument znajduje się w sanktuarium Matki Boskiej Częstochowskiej w miejscowości Dozio w LombardiiJarosław Zawadzki, Kościół Wszystkich Świętych w Warszawie, Parafia Wszystkich Świętych, Warszawa 1997, s. 56..
W 2017 roku świątynia, jako pierwsza w Polsce, z inicjatywy społeczności żydowskiej otrzymała tytuł House of Life (pol. Dom Życia) przyznawany przez Międzynarodową Fundację Raoula Wallenberga.
W 2023 na wschodniej wieży odtworzono cztery posągi aniołów.