Wiosną 1988 kierował akcjami solidarnościowymi lubelskiego NZS ze strajkiem w Nowej Hucie. W sierpniu tego roku przewodniczył delegacji NZS Lublin w pielgrzymce do Ojca Świętego. Współredagował pisma podziemne: „Nurt” i „Żak”. Publikował także w prasie emigracyjnej: w paryskim piśmie „Kontakt” i w londyńskim „Dzienniku Polskim”. Jego praca magisterska: Problematyka religijna w prasie wychodzącej poza zasięgiem cenzury w latach 1976–1980, została wydana przez NZS Lublin w 1989 jeszcze poza zasięgiem cenzury.

Działalność polityczna w III RP thumb|240px|Grób Wojciecha Bogaczyka na Wojskowych Powązkach w Warszawie W latach 1989–1990 był członkiem prezydium Zarządu Głównego Zjednoczenia Chrześcijańsko-Narodowego, a następnie liderem Chrześcijańskiego Ruchu Obywatelskiego. Od 1991 do 1995 należał do Ruchu Trzeciej Rzeczypospolitej. Bez skutku ubiegał się o mandat poselski: w wyborach parlamentarnych w 1991 z listy wyborczej Wyborczej Akcji Katolickiej, a w wyborach w 1993 Zjednoczenia Polskiego - Porozumienia Centrum. W wyborach samorządowych w 1994, był pełnomocnikiem listy „Prawica Razem” w Warszawie. latach 1995–2000 był przewodniczącym Komitetu Polska-Czeczenia. W 2001 został wyróżniony odznaką „Zasłużony Działacz Kultury” przez Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego. W 2006 uzyskał z IPN status osoby pokrzywdzonej.