Powrócił wkrótce do rządu, pełniąc od listopada 1944 do marca 1946 funkcję ministra sprawiedliwości. Gdy w 1946 stojący na czele gabinetu Juho Kusti Paasikivi objął urząd prezydenta, Unia Agrariuszy zaproponowała go na nowego premiera, co zostało jednak zablokowane przez komunistów z SKDL. Urho Kekkonen był następnie członkiem zarządu Banku Finlandii (1946–1956), pierwszym wiceprzewodniczącym Eduskunty (1946–1948) i przewodniczącym fińskiego parlamentu (od lipca 1948 do marca 1950). W 1950 bez powodzenia ubiegał się o prezydenturę, Juho Kusti Paasikivi uzyskał wówczas reelekcję w wyborach przeprowadzanych w kolegium elektorskim.
W marcu 1950 Urho Kekkonen stanął na czele fińskiego rządu. Urząd premiera sprawował do listopada 1953 i ponownie od października 1954 do lutego 1956. Kierował łącznie pięcioma gabinetami. Pełnił w nich także funkcję ministra spraw wewnętrznych (od marca 1950 do stycznia 1951), ministra sprawiedliwości (we wrześniu 1951) i ministra spraw zagranicznych (od listopada 1952 do lipca 1953). Od maja do października 1954 był ministrem spraw zagranicznych w rządzie Ralfa Törngrena.