Wystąpił jako rysownik, artysta i muzyk John Callahan w biograficznym Gusa Van Santa Bez obaw, daleko nie zajdzie (Don't Worry, He Won't Get Far on Foot, 2018) i jako zabójca Charlie Sisters w komediowym westernie Jacques’a Audiarda Bracia Sisters (The Sisters Brothers, 2018) u boku Jake’a Gyllenhaala.
Sukcesem okazała się kreacja Arthura Flecka / Jokera, emocjonalnie zaburzonego, nieudolnego komika, który staje się groźnym psychopatycznym i sadystycznym przestępcą w dramacie psychologicznym Todda Phillipsa Joker (2019), za którą zdobył Oscara, nagrodę BAFTA, nagrodę PETA i Złoty Glob. Phoenix do tej roli schudł 20 kg, a skutki odchudzania realnie wpływały na cały proces budowania roli. Film został dobrze przyjęty na festiwalu w Wenecji i otrzymał Złotego Lwa.
Życie prywatne Podobnie jak rodzeństwo, Joaquin jest weganinem. Udziela się na rzecz PETA. Phoenix w okolicach ust ma charakterystyczną bliznę, według jego słów szrama powstała w wyniku bójki. W kwietniu 2005 Phoenix przeszedł terapię antyalkoholową.
Spotykał się z koleżanką z planu Liv Tyler (1995–1998) i modelką Topaz Page-Green (2001–2005). Pod koniec 2016 związał się z aktorką Rooney Marą, z którą zaręczył się w lipcu 2019. Para ma syna – Rivera (ur.